Una de las primeras pequeñas iglesias ...
Una de las primeras pequeñas iglesias construidas a dentro del palacio de Diocleciano, cuando la gente de Salona, una ciudad romana vecina destruida por las guerras, vino a buscar un refugio dentro de las murallas del palacio. Se construyó en el siglo V o VI, sobre las murallas del recinto, arriba de la puerta dorada.
Luego, se hizo lo mismo arriba de la puerta de plata, tapando el camino de guardia que Diocleciano había mandado a construir, y haciendo una pequeña iglesia, esta otra dedicada a San Apolinario.
La iglesia de San Martín es importante porque es un buen ejemplo de estilo pre románico, estilo que culminó cinco siglos más tarde, y esta sigue conservada in situ. Las inscripciones de la iglesia explican que se consagró en honor a la virgen María, al Papa Gregorio, y a San martín.
desde el siglo XIV, hay un convento dominicano cerca de la iglesia.